二周目开始时，主角会从家中出发，与母亲对话后得知博士需要见面。前往临港市与最左侧房间的水手交谈，获得通行证后即可前往陌桑镇。在此处可获得神秘水滴道具，随后返回临港市乘船前往新区域。需左侧道路暂时无法通行，需向右进入507号道路。该区域可拾取超级药水和华丽球等道具，同时会触发与博士及未来对手的战斗。
完成507号道路的探索后，返回兰蔻镇并向左进入502号道路。此处可获取净身符、高级球等道具，并在台阶处与劲敌银展开对战。继续前进至501号道路，拾取超级药水和高级球后抵达兰蔻镇。在研究所与博士会面后，可获得黑白御三家之一的精灵。随后向左行进至礁溪市，在此处可获取TM49岩崩，并探索城市左侧的矿场。矿场内可获得古代琥珀和金属粉，下方还能拾取螺旋化石。
首个道馆为岩石系，馆主精灵包括Lv.64太古盔甲、Lv.64护城龙和Lv.64化石翼龙，胜利后获得岩矿徽章及TM39攀岩。随后前往城市上方的洛林洞窟，获取甲壳化石并复活为Lv.20化石盔。出口处会遭遇劲敌小黄，其精灵为Lv.65伦琴猫和Lv.67火焰鸡。接下来的霄云市道馆为飞行系，馆主阵容为Lv.64姆克鹰、Lv.65绅士鸦和Lv.66血翼飞龙，获胜后获得天空徽章及飞行许可证。
后期需前往滴翠镇获取Lv.10电鬼，并向右进入505号道路收集道具。在坂玉市道馆会触发剧情，需跟随馆主前往天空之塔阻止蒸汽团首领收服裂空座。随后可挑战格斗系道馆，馆主精灵为Lv.66快泳蛙、Lv.67路卡利欧和Lv.68怪力，胜利后获得力量徽章及TM31冰粉碎。最终在炽炎森林出口与劲敌小珠对战，其阵容包括Lv.64卷卷耳、Lv.65妙蛙花和Lv.65蜥蜴王。
完成所有道馆挑战后，需前往胜利之路进行最终决战。此处需连续对战多位劲敌及四天王，包括毒系、地面系、恶系和龙系天王。冠军天佑的精灵阵容为Lv.82喷火龙、Lv.82烈咬陆鲨、Lv.83风速狗、Lv.83路卡利欧、Lv.84索罗亚克和Lv.85三头龙。获胜后完成二周目剧情，并解锁后续神兽激活内容。
